De vlag van de voormalige gemeente Heer is vastgesteld op 25 augustus 1953 en was de gemeentelijke vlag tot 1 juli 1970 toen Heer geannexeerd werd door Maastricht. De kleuren van de vlag zijn ontleend aan het wapen van de gemeente Heer. 

Op 13 april 1889 verleende de Hoge Raad van Adel het wapen aan de gemeente Heer.  

De blazoenering van het wapen luidde als volgt:

In keel, links de H.Petrus met gouden nimbus en geketende handen, gekleed in een Romeinse toga van goud, het aangezicht en handen van natuurlijke kleur, in de rechterhand vóór zich houdende een sleutel van goud; rechts de H. Servatius, de beide handen voor zich uitgestrekt houdende, met nimbus, mijter en misgewaad, alles van goud, het gelaat en de haren van natuurlijke kleur; met de linkerhand steunt de H.Petrus op een tusschen hem en den H.Servatius geplaatst schild van zilver, beladen met een van goud gekroonde, gesnavelde en geklaauwde, van keel getongde dubbelen rijksadelaar van sabel, hebbende tot hartschild een schildje van keel, beladen met een sleutel van goud, alles op een terras van sinopel. Het geheel omgeven door het randschrift "Gemeentebestuur van Heer".

In het wapen is de kerkelijke en historische relatie tussen Heer en Maastricht afgebeeld. De heilige Petrus is de patroonheilige van Heer, terwijl de heilige Servatius de patroon is van Maastricht. De eerste overhandigt de hemelsleutel aan de laatste, de zogenaamde sleutel van Sint-Servaas. De afbeelding is verwant met een reliëf op het 12e-eeuwse westwerkaltaar van de Sint-Servaasbasiliek, waarop Jezus de zegen geeft aan de sleuteldragende Petrus en Servaas. De Sint-Servaassleutel, die eveneens op het schild is afgebeeld, was het kenteken van het kapittel van Sint-Servaas, samen met de dubbelkoppige adelaar, het symbool van de rijksonmiddellijkheid van het kapittel. Heer was een van de elf banken van Sint-Servaas en viel tot de Franse tijd onder de jurisdictie van het Maastrichtse kapittel (bron).